在日常税收征管中，税务机关经常会对纳税人申报的增值税收入和企业所得税收入进行比对。
增值税申报收入一般会提取12月份《增值税纳税申报表》累计数，包括按适用税率计税销售额、按简易办法计税销售额、免抵退办法销售额和免税销售额等四项收入。
企业所得税申报收入则一般会提取《企业所得税年度纳税申报表》主表第1行营业收入金额，包括主营业务收入和其他业务收入。
如果两个收入不一致，税务人员经常会将此作为一个重要风险点要求企业做出说明，而很多纳税人会困惑，明明自己如实申报了两项收入，为什么会出现异常呢？
但事实上，如果存在以下情形，企业所得税收入和增值税收入不一致是正常的，我们分别看一下：
一、某些视同销售行为，
会产生两税收入不一致。
（一）纳税人将货物在实行统一核算的跨县(市)内部机构间移送用于销售。此种行为增值税需要计算销项税，但在会计核算与企业所得税政策规定上，均属于企业内部转移资产行为，既不计入营业收入，也不计算缴纳企业所得税。
（二）纳税人将自产或委托加工货物用于集体福利。此种情况下货物并没有离开本企业，所有权并没有发生转移，也没有相关经济利益流入，会计核算上只结转成本，不确认收入，也不计入企业所得税应纳税所得额。
（三）受托方以收取手续费方式销售代销货物。受托方以收取手续费方式销售代销货物，代销货物销售额不作为本企业营业收入核算，也不涉及企业所得税。但因为收取了购买方货款并开具增值税发票，实质已构成增值税收入实现，即需要“视同销售”计提销项税金，交付代销清单并取得委托方增值税发票时再作进项税额核算。受托方向委托方收取的手续费计入其他业务收入，属于佣金性质，应按规定计算缴纳增值税和企业所得税。
二、价外费用，
产生两税申报收入不一致。
增值税的销售额是按照纳税人发生应税行为取得的全部价款和价外费用确定。价外费用包括价外向购买方收取的手续费、补贴、基金、集资费、返还利润、奖励费、违约金、滞纳金、延期付款利息、赔偿金、代收款项、代垫款项、包装费、包装物租金、储备费、优质费、运输装卸费以及其他各种性质的价外收费。
纳税人收取的这些价外费用，除代为收取符合规定的政府性基金或者行政事业性收费，以及以委托方名义开具发票代委托方收取的款项外，都应计入增值税销售额计算申报缴纳增值税。
但这些价外收费在会计核算和企业所得税纳税申报时却有相当一部分并不计入营业收入，如收取的延期利息费用应冲减财务费用，收取的包装费、储备费、运输装卸费应冲减销售费用，收取的违约金、赔偿金、滞纳金应计入营业外收入，代收、代垫款项应计入往来项目等。
虽然最终并不影响会计核算结果和应纳税所得额的计算，但在两税申报收入数据对比时却会形成增值税申报收入大于企业所得税申报收入的情况。
三、处置固定资产和无形资产，
产生两税申报收入不一致。
纳税人在生产经营中发生固定资产、无形资产处置转让行为，均应按照出售价格和适用税率或征收率计算申报缴纳增值税，但在会计处理和企业所得税纳税申报上，则是将资产处置收入扣除账面价值和相关税费后的金额计入营业外收入或营业外支出，很明显，这会造成增值税申报收入大于企业所得税申报收入。
四、金融商品转让业务，
产生两税申报收入不一致。
金融商品转让，按照财税【2016】36号规定，纳税人转让金融商品按照卖出价扣除买入价后的余额为销售额计算缴纳增值税。
纳税申报时，按照扣除之前的不含税销售额填入纳税申报表主表销售额相关栏次。而金融资产转让的会计处理和企业所得税申报则是通过投资收益体现在当期损益及应纳税所得额中。两相对比，增值税申报收入要大于企业所得税收入。
五、财政补贴核算，
产生两税申报收入不一致。
按照国家税务总局公告2019年第45号规定，纳税人取得的财政补贴，与其销售货物、劳务、服务、无形资产、不动产的收入或者数量直接挂钩的，应按规定计算缴纳增值税。
而纳税人取得的各种财政补贴，在会计核算和企业所得税纳税申报上则是体现在营业外收入或补贴收入等项目中。如果纳税人取得了上述性质的财政补贴，也会形成增值税申报收入大于企业所得税申报收入的情况。
六、增值税免税业务，
产生两税申报收入不一致。
按照增值税相关规定，无论是一般纳税人还是小规模纳税人，发生应税行为适用免税规定的，不得开具专用发票，但可以开具税率栏注为“免税”的普通发票。
纳税人进行增值税免税业务纳税申报时，应以含税的销售额填报在申报表主表免税销售额相应栏次。
会计核算上，由于规定尚不明确，仅有的财会字【1995】6号关于增值税免税会计处理的文件也随着会计准则新科目设置已经作废，目前存在两种不同的处理方法，一是以价税合计的方法将免税销售额全部计入主营业务收入，一是以价税分离的方法将免税销售额还原成不含税销售额，计提的销项税额计入补贴收入或营业外收入。
若纳税人采用第一种方法核算，不会出现两税申报收入不一致问题。若采用第二种方法核算，则会形成增值税申报收入大于企业所得税申报收入的情况。
七、收入确认原则不同，
产生两税申报收入不一致。
增值税与企业所得税都是以收入为起点计算应纳税额，在收入确认上既有相同之处，也存在一些差异。这种收入确认上的差异势必要对两税申报收入造成一定的影响。这里仅就以下几种较为特殊的销售结算方式予以简要分析：
(一)委托代销货物。纳税人发生委托代销行为时，增值税以“收到代销清单”或者“收到全部或者部分货款”确认销售额。企业所得税以“收到代销清单”确认销售额(国税函【2008】875号)。如果企业先收到代销清单后收到货款，则两税同时确认收入;如果纳税人先收到货款后收到代销清单，则增值税先确认收入;如果纳税人既没有收到代销清单也没有收到货款，在“发出代销货物满180天的当天”也要确认增值税收入，而企业所得税还要等待代销清单的到达。
(二)托收承付方式销售货物。在托收承付方式下，增值税要求在“发出货物并办妥托收手续的当天”确认收入，而企业所得税只需“办妥托收手续”即可确认收入。若纳税人先发出货物后办妥托收手续或同时完成，则两税在收入确认上没有差异。若纳税人先办妥托收手续后发出货物，则企业所得税要先于增值税确认收入。
(三)预收租金业务。纳税人采取预收款方式提供租赁服务，增值税按照“收到预收款的当天”确认收入，企业所得税按照“跨年度，提前一次性支付，分期均匀计入相关年度”分期确认收入(国税函【2010】79号)。很显然，增值税要先于企业所得税确认收入。
(四)预收款方式销售大型货物。纳税人采取预收货款方式销售货物，在“货物发出的当天”确认收入，这一点基本规定在增值税和企业所得税上是一致的。但对于生产销售生产工期超12个月大型机器设备、船舶、飞机等货物，增值税以“收到预收款或者书面合同约定的收款日期的当天”确认收入，企业所得税则要求按照“完工进度(完工百分比法)”确认收入。
如果纳税人收到款项或约定收款日期早于按工程进度确定的收入实现日，增值税会先于企业所得税确认收入;如果收到款项或约定收款日期晚于按工程进度确定的收入实现日，则是相反的结果。
