据统计，股权转让协议纠纷在公司诉讼中占有很高的比例。股权转让协议纠纷的审理，原则上可以适用《合同法》的相关规定。但股权不同于物为标的物的商事合同，在签订股权转让协议时，如按照签订合同的思维，可能会有隐患。避免股权转让的法律风险，应当注意如下几点：
开展尽职调查
《公司法》72条第四款规定，公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。公司章程可以排除《公司法》设置的转让程序和规则。因此，签订股权转让协议时，应当先查看目标公司的章程，评估股权转让的可行性。实务中，经常出现股权转让协议转让方与受让方具有一定的信任基础或感情关系，对于股权转让事宜未经充分协商或在仅有大的框架时就草草签订，双方对于相关法律规则并不熟悉，在日后履行时遇到法律障碍引起纠纷。在签订股权转让协议时，切勿被利益蒙蔽了双眼，首先要作好目标公司相关情况的调查，必要时聘请专业的调查机构或律师事务所、会计师事务所对目标公司的经营管理、财务情况等作尽职调查，评估收购的可能性与可行性。
明确签订主体
在有的规模小、人数少的有限责任公司中，公司治理结构不完善，公司作为独立法人的特征不明显，股东个人名义与公司名义经常混在一起。作为交易的相对一方，对于与谁签订股权转让协议需要十分清楚。股权转让的一方，必须具有公司股东资格。是股东将其持有的公司的股权转让给受让方，而不是公司转让。
［案例］2009年6月10日，美籍华人王先生与中国公民孙先生签订股权转让协议，由王先生受让孙先生在北京某贸易公司的50%股权。贸易公司亦召开股东会，形成股东会决议，同意股东孙先生将其持有的公司50％的股权转让给王先生。同时约定，为简化股东变更手续，王先生同意其股份以其兄名义持有。随后，王先后依约支付股权转让款，但贸易公司未在工商部门变更股东变更，孙先生也没有履行股权转让协议中的协助办理工商登记的义务，导致发生纠纷。
［审理］法院经审理后认为，本案名为股权转让纠纷，实际上，王先生作为美籍公民，其购买中国公民孙先生持有的境内公司股权的行为，应当认定为外国投资者并购境内企业的投资行为，按照我国关于外国投资者并购境内企业的相关规定，外国投资者并购境内企业，应当经审批机关批准。股权转让协议中约定的“为简化股东变更手续，王先生同意其股份由其兄的名义持有”，实质是股权转让协议当事人双方共同规避行政审批的行为，属于无效约定，此无效约定致使股权转让协议无法继续履行，导致股权转让协议效力属于未生效状态。
商务部、工商总局、税务总局等联合发布了《关于外国投资者并购境内企业的规定》，外国投资者购买境内非外商投资企业股东的股权、认购境内企业的增资使境内企业变更为外商投资企业的，需经批准和登记。正是由于当事人身份的原因，导致行为的性质发生了变化，当事人的交易行为没有得到法律的认可。
意思表示真实
股权转让协议受让人受让股权，目的可能是为了取得目标公司的控制权，但最终都是想要通过行使股权获得经济上的利益。为了保证不亏，在受让股权时要对其价值有一个准确的判断。股权的价值与公司的负债（银行债务、商业债务等）、对外担保、行政罚款以及涉诉情况等多种因素相关。
基于此，在股权转让实践操作中，股权转让协议受让方应要求转让方在股权转让协议当中对其所提供的有关目标公司的信息真实性以及公司资产的真实状况等作出相对具体详尽的陈述与保证。在股权转让协议中，股权转让协议转让方的“陈述与保证”条款在其中占有很大的篇幅。这样做的目的在于防范风险，完善违约救济措施。因此，当股权转让协议转让方故意隐瞒目标公司的相关信息给受让方造成损失时，受让方有权依据《合同法》的违约责任有关规定要求转让方承担相应的赔偿责任。在有的股权转让协议中有“鉴于条款”，在其中可以表明双方签订股权转让协议的目的，反映缔约背景，以及体现股权转让协议之间的相互承接关系等。在诉讼中，认定合同目的是否不能实现、合同是否已被变更、违约行为的确定等，鉴于条款具有重要作用。
细化权利义务
股权转让协议不仅要在文字上明确、内容上完整，而且要切实保证能够履行。有义务才有责任，有责任才有履行的动力。在股权转让协议中应将权利义务细化，并落实到某一方身上，不能在履行主体上发生争议，导致权责不分。
如在一起股权转让协议纠纷中，Ａ公司与Ｂ公司（关联公司）作为转让方，将其分别持有的Ｅ公司（房地产项目公司）60%、40%股权转让给Ｃ公司、Ｄ公司（关联公司），转让价款为1.57亿。Ｃ公司、Ｄ公司签约后支付1000万履约保证金，与Ａ公司、Ｂ公司对Ｅ公司的公章、工商登记材料、财务账册等进行共管，但对共管的形式没有约定。双方都认可，所有材料全部锁在保险柜中，Ａ、Ｂ公司拿钥匙，Ｃ、Ｄ公司掌握密码。保险柜最初放在Ｅ公司。合同约定，由Ａ、Ｂ公司办理国有土地使用权出让合同后5个工作日，Ｃ、Ｄ公司交纳土地出让金。双方在履行中发生纠纷，Ａ、Ｂ公司发出合同解除函，Ｃ、Ｄ公司向法院起诉，要求继续履行。关于谁违约的问题，Ａ、Ｂ公司称，其向国土局取得相关文件后，需要加盖Ｅ公司的公章，但Ｃ、Ｄ公司拒不配合盖章，导致合同无法履行。Ｃ、Ｄ公司称，是因为Ｅ公司因办公地点变更，Ａ、Ｂ公司将保险柜转移，导致其丧失对保险柜的控制权。正是因为股权转让协议中对于保险柜保管的权利义务约定不明，导致双方在履行中产生争议。
关注强制性规定
国有股权、外商投资企业的股权等，在转让时有特别的规定，需要注意，避免因违反相关强制性规定而导致股权转让协议无效。
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